Das CVJM-Haus soll umgebaut werden, das PSZ sucht eine neue Bleibe und findet sie in Räumen der Evangelischen Beratungsstelle für Ehe-, Lebens- und Erziehungsfragen in der Benrather Str.7 in der Düsseldorfer Altstadt direkt am Markt Carlsplatz. Da die Räume so gut passen, und die Altstadt eine freundlichere und sicherere Umgebung darstellt als der Hauptbahnhof, wird beschlossen: Das PSZ bleibt hier.
Viele albanische Bürgerkriegsflüchtlinge aus dem Kosovo finden Zuflucht in Deutschland. Ein Programm zur Psychosozialen Versorgung wird ausgeschreben, an dem sich das PSZ in Kooperation mit dem Behandlungszentrum in Köln beteiligt. In den Aufnahmeeinrichtungen werden Stabilisierungsgruppen und Therapieangebote für die kosovarischen Flüchtlinge eingerichtet. Auf viele Jahre hinaus werden KosovarInnen die größte KlientInnengruppe im PSZ darstellen.
Intern macht das PSZ von 1999 bis 2001 eine turbulente Phase durch.